Sección: Periodo Colonial

Está compuesto por los documentos más antigüos y que corresponden al periodo de la colonia, existiendo en ésta documentos que van desde el año 1594 hasta el 1821

Sección: Cabildo

Comprende todas los libros de Actas de Cabildo y de Acuerdos tomados por el H. Ayuntamiento de Huajuapam, desde el tiempo de los Alcaldes hasta nuestros días. El libro más antigüo corresponde al año 1820 y el más reciente al 2006

Sección: Presidencia

En esta sección se encuentra documentación correspondiente a la Presidencia Municipal y la Jefatura de Distrito. Actualmente la Clasificación para esta sección comprende documentación del año hasta el 1914. En ésta se pueden encontrar las siguientes series documentales:
Oficios y Circulares: En esta sección se puede encontrar correspondencia de tanto de la Presidencia Municipa y la Jefatura Política con autoridades de dentro y fuera del Distrito, incluyento los municipios y pueblos pertenecientes al mismo.
Padrones y Estadísticas:A esta sección corresponde documentación relacionada con datos de naturaleza estadística tal como padrones y censos de habitantes, padrones y estadísticas escolares, tipo de flora, fauna, cultivos, enfermedades, etc., no sólo de Huajuapan, sino de los demás pueblos que pertenecían al Distrito.
Elecciones y Nombramientos: En ésta serie se encuentra las actas de elección y renovación de autoridades municipales y del Distrito, tal es el caso del Juez de Primera Instancia y de Diputados.
Otras series documentales pertenecientes a esta sección son: Parte de Novedades, Ganado, Bandos y Decretos, Inventarios, Cárceles, Tierras

Sección: Tesorería

Aquí se localizan documentos relacionados con las finanzas de la Tesorería de Huajuapam y los demás pueblos del Distrito. Actualmente la Clasificación para esta sección comprende documentación del año hasta el 1932;entre las series más relevantes se encuentran:
Cuentas y Cortes de Caja, Presupuestos, Ingresos, Egresos, Capitación, Facturas, Padrones de Capitación, Recibos, Recaudación de Contribuciones

Sección: Junta Municipal de Reclutamiento

Aquí se encuentra toda la información relativa a los conscriptos del servicio militar desde la instauración del mismo.